De nombreuses bactéries vivent également dans le sol. Certaines d'entre elles sont pathogènes et sont responsables de maladies qu'on nomme des bactérioses. Au niveau du sol on retrouve ainsi quelques espèces bactériennes problématiques.
On peut ainsi citer Agrobacterium tumefaciens qui est responsable de la création de tumeurs au niveau des racines des plantes attaquées. Cette maladie est appelée galle du collet ou tumeur du collet. Plus de 600 espèces végétales y sont sensibles. Ainsi on peut citer des espèces fruitières comme les amandiers, les actinidias (arbre à kiwis), les framboisiers, les pêchers, les pruniers, la vigne mais également de nombreuses essences ornementales à l'instar des chrysanthèmes, des cyprès, des dahlias, des géraniums, des faux cyprès et des rosiers …
Agrobacterium rhizogenes est une cousine de la bactérie précédente. Elle est responsable de la galle chevelue, une maladie qui induit la production anarchique de racines aussi bien sous la surface du sol que sur les tiges. Cette affection frappe notamment les plantes de la familles des rosacées à l'instar des pommiers, des poiriers, des pruniers et des rosiers…
Les pourritures molles racinaires sont généralement dues à des bactéries du genre Erwinia, et notamment Erwinia chrysanthemi et Erwinia carotovora. Elles entrainent en général une nécrose humide des tissus attaqués et touchent de nombreuses espèces végétales.
Rhodococcus fascians provoque chez les plantes attaquées, une multiplication anormale du nombre de tiges. Ces dernières seront courtes et agglutinées, voire parfois même regroupées. Cette maladie est connue sous le nom de galle feuillue qui s'en prend essentiellement aux espèces ornementales comme les bégonias, les chrysanthèmes, les dahlias, les géraniums, les pétunias ou les tagètes. A noter également que Rhodococcus fascians est responsable de la maladie du chou fleur sur fraisiers.