Le sol est un milieu qui regorge de vie. La grande majorité des microorganismes qui s’y trouve dégrade la matière organique en décomposition mais certains microbes sont pathogènes pour les plantes et s’attaquent généralement aux racines et au collet. Ils donnent de nombreuses maladies différentes.
La plus connue des jardiniers est la fonte des semis qui peut complètement ruiner les jeunes plantations. D’autres affections sont responsables de pourridiés racinaires et entraînent une réduction importante des capacités de productions, voire même conduisent à la mort du végétal attaqué.
D’autres champignons attaquent les racines et se développent dans les vaisseaux conducteurs de sève entrainant bien souvent de graves symptômes qui découlent sur la mort du végétal.
Des bactéries vivant dans le sol peuvent induire un pourrissement des parties souterraines de la plante tandis que des virus peuvent être transmis par des nématodes phytopathogènes.
La fonte des semis est une maladie cryptogamique qui est causée par de nombreux phytopathogènes. Parmi ceux ci on retrouve notamment des champignons polyphages du genre Botrytis, Fusarium, Phoma,Pythium Rhizoctonia, Sclerotinia et sans doute bien d'autres.
Les symptômes sont caractéristiques : les graines germent puis avortent, les racines se nécrosent, les collets se tachent, la plantule file et fini par s'affaisser sous son propre poids. Il est possible que certaines plantes survivent à la fonte des semis, mais généralement elles gardent un aspect chétif. Les survivantes seront peu productives et peu résistantes aux autres ravageurs.
La fonte des semis peut provoquer d'importantes pertes à la levée sur les grandes cultures (colza, tournesol, féveroles et maïs) et sur les plantes potagères (carotte, céleri, choux, cucurbitacées, endives, épinards, laitues, lentilles, pois, tomates, haricots, courges, mâche…). Sur les plantes ornementales comme les bégonias, les chrysanthèmes ou les pélargoniums, ces pathogènes entrainent la fonte des boutures qui voient leurs jeunes plantules sécher sur pied.
Cette pourriture peut être provoquée par de nombreuses espèces de champignons. Dans les faits, des rhizoctones et des pythiums sont très souvent impliqués.
Le rhizoctone peut faire des dommages importants comme par exemple sur les les asperges et les fraises où le champignon provoque une dessication totale des racines qui deviennent creuses et prennent une teinte violette. Les pieds attaqués meurt rapidement. Sur d'autres cultures comme les laitues, le rhizoctone entraine un jaunissement puis une pourriture plus ou moins sèches des organes touchés.
Le pythium peut provoquer de graves dégâts sur les cultures de concombre où il induit une destruction du chevelu racinaire et des zones de croissance souterraine. Il en résulte des plants plus chétifs, sensibles au flétrissement et qui présentent des feuilles jaunes. Des pourritures plus ou moins humides sont parfois observables au niveau du collet. Sur carottes, les pythiacées induisent une dépréciation de la qualité de la récolte du fait du développement de pourritures sur le pivot. Enfin, ces champignons provoquent un jaunissement et une chute prématurée des feuilles de nombreuses autres cultures à cause du développement d'une pourriture noire au niveau du collet.
Le dépérissement racinaire est une maladie dont les symptômes apparaissent souvent brutalement. Cette maladie est principalement due au champignon Phytophthora cinnamomi. Ce dernier s'attaque essentiellement aux arbres et arbustes d’ornement avec une fréquence accrue chez ceux plantés en conteneur. Les plantes de terres de bruyères et les conifères y sont très sensibles, c'est notamment le cas pour les azalées, les bruyères, les rhododendrons et surtout pour les faux cyprès de Lawson (Chamaecyparis). Il entraine la destruction rapide des racines conduisant à un jaunissement des feuilles et à un dépérissement soudain de la plante. Le collet et les racines prennent une teinte brune. A noter que d'autres plantes comme les orangers du Mexique (Choisya sp), les framboisiers, les lilas et des cultures exotiques comme les ananas, les avocatiers ou les agrumes, peuvent aussi être infectées par des champignons du genre Phytophtora.
Sur les châtaigniers et les noyers, les champignons du genre Phytophthora sont également responsables de la maladie de l'encre : les arbres perdent leur vigueur puis sèchent progressivement du haut vers le bas. Cette maladie induit la mort des specimens attaqués. Des sécrétions liquides noires peuvent être observées à la base du tronc.
A noter que Phytophtora infestans est responsable du mildiou de la pomme de terre et de la tomate.
Certaines espèces de champignons racinaires et notamment Verticillium albo-atrum, Verticillium dahliae ou Fusarium oxysporum, sont capables d'infecter les racines et de remonter dans les vaisseaux conducteurs de sève. En se développant à l'intérieur de ces canaux, ces champignons vont petit petit les obstruer provoquant des dommages plus ou moins graves selon les espèces de plantes attaquées. Cela peut aller jusqu'à la mort du végétal infecté.
Les pourridiés sont des maladies affectant les racines et ou le collet des plantes ligneuses. Elles sont dues à des champignons capables de décomposer les composants du bois comme la cellulose ou la lignine. Parmi ceux ci on retrouve essentiellement des armillaires mais également le champignons Rosellinia necatrix .
Les armillaires comportent de nombreuses espèces. Par exemple l'armillaire des résineux (Armillaria ostoyae) sévit dans les forêts de pins, de sapins, de douglas ou de mélèzes, mais c'est probablement Armillaria mellea, l'armillaire des feuillus, qui a le plus large spectre d'action.
On peut en effet la retrouver sur un très grand nombre d'essences forestières, ornementales ou fruitières. Elle affecte bien souvent les rosiers, les érables, les lilas, mais aussi sur des conifères comme les faux cyprès, les cyprès d'Italie et les thuyas. On la rencontre aussi sur les plantes victimes de Rosellinia necatrix, à savoir les kiwis, les cerisiers, les figuiers, les noyers, les oliviers, les pêchers, les agrumes, l'avocatier, les pommiers, le buis et la vigne. Ces champignons dégradent les racines et entraînent donc un dépérissement de l’arbre . L'affection est révélée par la présence d'un mycélium blanc répartis en plaques sous l’écorce, accompagné d'une odeur caractéristique de champignon.
Attention, cette maladie se développe en tâches d'huile, les arbres voisins risquent donc d'être infectés.
De nombreuses bactéries vivent également dans le sol. Certaines d'entre elles sont pathogènes et sont responsables de maladies qu'on nomme des bactérioses. Au niveau du sol on retrouve ainsi quelques espèces bactériennes problématiques.
On peut ainsi citer Agrobacterium tumefaciens qui est responsable de la création de tumeurs au niveau des racines des plantes attaquées. Cette maladie est appelée galle du collet ou tumeur du collet. Plus de 600 espèces végétales y sont sensibles. Ainsi on peut citer des espèces fruitières comme les amandiers, les actinidias (arbre à kiwis), les framboisiers, les pêchers, les pruniers, la vigne mais également de nombreuses essences ornementales à l'instar des chrysanthèmes, des cyprès, des dahlias, des géraniums, des faux cyprès et des rosiers …
Agrobacterium rhizogenes est une cousine de la bactérie précédente. Elle est responsable de la galle chevelue, une maladie qui induit la production anarchique de racines aussi bien sous la surface du sol que sur les tiges. Cette affection frappe notamment les plantes de la familles des rosacées à l'instar des pommiers, des poiriers, des pruniers et des rosiers…
Les pourritures molles racinaires sont généralement dues à des bactéries du genre Erwinia, et notamment Erwinia chrysanthemi et Erwinia carotovora. Elles entrainent en général une nécrose humide des tissus attaqués et touchent de nombreuses espèces végétales.
Rhodococcus fascians provoque chez les plantes attaquées, une multiplication anormale du nombre de tiges. Ces dernières seront courtes et agglutinées, voire parfois même regroupées. Cette maladie est connue sous le nom de galle feuillue qui s'en prend essentiellement aux espèces ornementales comme les bégonias, les chrysanthèmes, les dahlias, les géraniums, les pétunias ou les tagètes. A noter également que Rhodococcus fascians est responsable de la maladie du chou fleur sur fraisiers.
Les virus ne peuvent pas vivre à l'état libre dans le sol, ils ont donc besoin d'un hôte. Au niveau tellurique, il s'agit soit des plantes déjà infectées, soit de leurs semences parasitées ou bien encore d'organismes prédateurs des végétaux. Ainsi, certaines viroses telluriques sont transmises par des nématodes phytopathogènes.
On peut citer le virus du rattle du tabac qui s'attaque aux pommes de terre. Les tubercules sont marqués par des arcs liégeux ou des lignes nécrosés qui finissent par s'étendre en grignotant petit à petit l'amidon des pommes de terre et dégradant fortement la qualité de la récolte.
La prophylaxie est l'un des leviers les plus importants pour lutter contre les maladies du système racinaire. Certaines action simples permette d'en réduire l'intensité ou même tout simplement la survenue. Ainsi, il convient :
Enfin, il existe des solutions naturelles pour préparer les plantes à subir des dégâts dus aux maladies racinaires. Ainsi, il est opportun d'appliquer sur l'ensemble des cultures légumières et ornementales ainsi que sur les petits fruits, un stimulateur des défenses naturelles des plantes à base de chitosan. Il est également possible de tremper les bulbes ou les tubercules dans un solution de ce produit pour limiter les problèmes de pertes à la levée.
Il n'existe à l'heure actuel aucun traitement curatif homologué pour les jardiniers amateurs pour lutter contre les maladies des racines. Des traitements biologiques à base de champignons tels que, Trichoderma hazianium ou Trichoderma asperellum existent mais leur emploi demeure strictement réservé à des applicateurs professionnels.
Il existe des techniques alternatives plus ou moins curatives pour lutter contre les microorganismes pathogènes du sol. Ainsi, il est possible d'utiliser des brisures d'orties sèches (83 g d'ortie / l de paillis) en les incorporant au paillage des concombres pour limiter les phénomènes de fontes des semis et d'attaques de pythium. Il en est de même pour la brisure de prêle (90g /l de paillis), ou pour la décoction de prêle en arrosage.
Enfin, des opérations culturales réduisent l'incidence ou les dommages liés aux maladies du système racinaire.
Une solution simple et efficace consiste à changer le substrat de culture ou la terre contaminée, si cette solution est faisable sur quelques metres carrés, elle est en revanche beaucoup plus lourde à mettre en place à large échelle.
Ainsi, pour de grosses surfaces, il peut être intéressant de pratiquer la solarisation, une technique qui consiste à tendre une bâche noire sur un sol travaillé durant les fortes chaleurs d'été. Cette opération culturale permet de désinfecter les sols sur les horizons cultivés (une petite trentaine de centimètres). Pour être efficace, il faudra installer la bâche à la mi juin et la laisser en place pendant au moins 60 jours en plein air.
Attention, cette technique n'est valable que dans les région à fort ensoleillement estival.
La solution la plus efficace est l'élimination ses résidus de récolte, des déchets de production et de toutes les parties atteintes, voir même l'intégralité du végétal afin de limiter l'inoculum de base et la dispersion des germes pathogènes. C'est d'autant plus vrai avec des maladies graves comme le rhizoctone violet sur carottes et asperges, ou bien le dépérissement des conifères et des éricacées dû à Phytophtora cinamomi. Pour l'armillaire, il conviendra d'arracher l'arbre ou la plante attaquée, d'en retirer les racines et de brûler ces organes atteints afin de ne pas disséminer le pourridié aux plantes voisines. Il est aussi conseillé de ne pas replanter d'espèce ligneuse avant plusieurs années.
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