Une des plus sévères est la moniliose qui peut mettre en péril la survie des fruits à noyaux à l'instar des pêchers des nectariniers et des abricotiers mais qui s'attaque également aux pommiers, poiriers, cerisiers, cognassiers ....
La bactériose du noyer peut également provoquer de lourds dégâts sur fruits en les faisant chuter lors d'attaques précoces ou bien en faisant pourrir le cerneau lorsque ces bactéries se développent en été.
La tavelure marque également durablement les fruits et crée des rugosités qui les rendent moins appétants et qui diminuent la capacité des fruits à se conserver au cours du temps.
Le cul noir de la tomate, qui n'est pas une maladie mais une carence entraine un noircissement de la partie basse du fruit et en dégrade le gout.
Enfin, le botrytis ou pourriture grise peut être problématique sur certains fruits à l'instar des fraises ou des raisins de table, mais recherché pour la conception de certains vins. On parle alors de pourriture noble.