Sur fruits, les symptômes sont assez classiques, et homogènes selon les espèces fruitières. Cela se traduit par un brunissement rapide du fruit dû au développement d'une pourriture sèche, de couleur marron ou noir, et sur laquelle finissent par apparaitre de petites pustules claires, réparties ou non, en cercles concentriques. Les fruits présents sur l'arbre se momifient et passeront l'hiver accroché à leur branche.
Sur les cerisiers, les fruits attaqués peuvent également contaminer l'ensemble de la grappe. Les baies malades finissent par s'agglomérer et à se momifier. Le phénomène de contamination peut également s'observer sur noisetier où la moniliose s'y caractérise par la présence de taches brunes parsemées de pustules ocres.
Lors de leur conservation, il arrive que les fruits attaqués présentent les mêmes symptômes que ceux décrits précédemment à savoir une pourriture sombre et sèche qui finit par complètement recouvrir le fruit. A noter que les champignons passent par les blessures au niveau de l'épiderme. Cette maladie est favorisée par des conditions humides. Il est parfois possible de confondre une attaque de moniliose avec des dégâts dus à de la pourriture grise (Botryts).