Plusieurs facteurs influencent le développement des sclérotinioses. Tout d'abord ces maladies sont favorisées par des conditions météorologiques douces et et humides (10 - 15 °C). Il convient donc de limiter au maximum l'hygrométrie au niveau des cultures. A cette fin, limitez le paillage à une utilisation estivale et espacez bien les plantes sensibles (aussi bien en inter rangs qu'à l'intérieur des rangs). Les sclérotiniose ont tendance a être plus souvent observées sur les terrains à sols lourds (du fait de la rétention de l'eau). Si c'est votre cas préférez cultiver les plantes sensibles sur des buttes réputées plus séchantes.
Evitez les fortes fumures azotées et préférez systématiquement l'utilisation d'amendements organiques aux intrants chimiques pour ne pas créer de déséquilibre au niveau de la plante et du sol.
Faites en sorte de limiter au maximum l'inoculum de la maladie. A cette fin, effectuez des rotations assez longues en augmentant le plus possible les délais entre deux cultures sensibles. Pour rappel, les sclérotes ont une capacité de survie dans le sol pouvant osciller entre 10 et 15 ans. De même retirez les organes contaminés comme les bulbes, les collets et les fanes et brûlez les.
Vous pouvez également tenter de réduire l'inoculum en pratiquant la solarisation (tendez une bâche noire sur le sol pendant toute la durée estivale, la forte température détruira une partie des sclérotes). Enfin, si la pourriture blanche des allium est une problématique récurrente, il est possible d'en faire germer les sclérotes en plantant du glaïeul. Cette espèce n'y est pas sensible et permet de faire avorter les champignons.