Le premier levier pour limiter l'impact des viroses sur les cultures consiste à lutter contre les organismes vecteurs tels que les pucerons, les thrips ou les aleurodes mais aussi les nématodes. Pour ces derniers, il convient de semer des tagètes sur les zones sensibles à proximité des plantes virosées.
Le deuxième levier est l'élimination des plantes servant de réservoirs aux virus à proximité des cultures sensibles. C'est notamment le cas pour les espèces sauvages du genre Prunus (Prunelier, épine noire) à proximité des vergers de pêchers, d'abricotiers ou de pruniers ...
Le troisième levier est le recours à des semences certifiées qui sont exemptes de virus, certaines de ces maladies pouvant se conserver à l'état latent au cœur des graines.
Dernier levier, le choix variétal, qui peut, sur certaines viroses, limiter la sensibilité des plantes. Ainsi, les variétés Charlotte et Monalisa seront à proscrire dans un contexte de forte problématique de virus Y de la pomme de terre.
Enfin, il est également possible de stimuler les défenses immunitaires de la plante pour tenter de réduire l'intensité des symptômes. Pour cela appliquer du chitosan sur les plantes ornementales et les bulbes, les plantes potagères et les petits fruits. L'efficacité sera plus importante sur bactéries et champignons.