Si elles contrarient les hommes, les mouches sont également une source importante de contrariété et de stress pour les animaux d'élevage. A noter qu'il existe différentes catégories de mouches s'attaquant au bétail.
Premièrement, les mouches piqueuses à l'instar du taon, des mouches des étables ou de la mouche des cornes, piquent leur proie et se nourrissent de leur sang. Elles peuvent être vectrices de nombreuses maladies comme la fièvre catarrhale.
Deuxièmement, les mouches lécheuses, comme les mouches d'automne, les mouches domestiques ou la mouche de tête se nourrissent des secrétions animales et viennent se loger en masse au niveau des yeux, du museau, des mamelles, des appareils reproducteurs et digestifs. Les mouches lécheuses, outre la gêne occasionnée, participent à la dissémination de microbes et au développement de maladies comme les mammites. Elles peuvent également entraîner la perte de la vue lorsque elles attaquent en grand nombre les yeux des animaux.
Enfin, certaines mouches viennent pondre dans les plaies qui se voient alors rapidement colonisées par de nombreux asticots. Ce sont les myiases.
Il est donc important de lutter contre les mouches.